Program Studi Magister Pendidikan Biologi FMIPA Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) didirikan pada tahun 2004 sebagai bagian dari Program Studi Pendidikan Sains berdasarkan Surat Izin Nomor: 2951/D/T/2003, tertanggal 10 Oktober 2003. Program ini mulai beroperasi untuk memenuhi kebutuhan akan tenaga pendidik dan peneliti yang berkualifikasi tinggi dalam bidang pendidikan biologi.

Izin operasional sebagai program studi mandiri diperoleh pada tanggal 2 Oktober 2014 melalui SK Dirjen Dikti Nomor: 434/E/O/2014. Sejak saat itu, Program Studi Magister Pendidikan Biologi UNY berkembang pesat dalam bidang pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.

Sebagai bentuk pengakuan atas mutu dan kualitasnya, sejak Maret 2024, Program Studi Magister Pendidikan Biologi telah menyandang status Akreditasi UNGGUL berdasarkan SK LAMDIK Nomor: 271/SK/LAMDIK/Ak/M/III/2024.

Program ini berkomitmen untuk menghasilkan lulusan yang kompeten, inovatif, dan berdaya saing tinggi dalam bidang pendidikan biologi, serta mampu menjawab tantangan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di tingkat nasional maupun global.