Mata kuliah ini memberikan pemahaman tentang paradigma penelitian pendidikan beserta prinsip dan penerapan prosedur penelitian di bidang Pendidikan Biologi, baik berdasarkan paradigma kuantitatif positivistik melalui desain penelitian deskriptif (survey, observasi, ex-post-facto), penelitian eksperimen (pre-eksperimen, true eksperimen, quasi-eksperimen), design & development research (D&DR), dan penelitian dan pengembangan (R&D); serta penelitian menggunakan paradigma kualitatif naturalistik melalui penelitian tindakan kelas, penelitian kualitatif fenomenologis, studi kasus, penelitian grounded, beserta contoh permasalahan yang dapat dipecahkan dan pelaporannya untuk Program Studi Pendidikan Biologi.

Mata kuliah ini membahas analisis landasan pengetahuan ilmiah; struktur pengetahuan ilmiah; produk pemikiran manusia meliputi pengetahuan, mitos, ilmu alam dan filsafat; ontologi, epistemologi, aksiologi ilmu alam; karakteristik ilmu; landasan ilmu (nalar dan logika sebagai cara menemukan kebenaran); hierarki dan metode ilmiah; kriteria kebenaran ilmiah; sumber pengetahuan dan kebenaran; rasionalisme dan empirisme.

Mata kuliah Penulisan Karya Ilmiah ini memberikan wawasan terkait konsep karya ilmiah yang meliputi pengertian, karakteristik, jenis, bagian-bagian, dan langkah-langkah penulisan karya ilmiah. Memfasilitasi mahasiswa untuk berpikir kritis dan kreatif menemukan suatu masalah atau topik yang akan diangkat dalam karya ilmiah. Mengembangkan kemampuan menganalisis jurnal terkait permasalahan yang akan diteliti baik secara kelompok maupun mandiri. Melatih mahasiswa menerapkan konsep penulisan karya ilmiah berdasarkan topik yang dipilih dan analisis literatur yang dilakukan baik secara kelompok maupun mandiri. Memfasilitasi mahasiswa untuk mempresentasikan hasil penulisan dalam forum untuk mendapatkan masukan dari dosen pengampu mata kuliah dan rekan sejawat. Luaran mata kuliah ini minimal submission ke jurnal sasaran/publikasi yang dipersyaratkan untuk kelulusan mahasiswa S2 FMIPA UNY.

Mata kuliah ini dirancang untuk dilaksanakan secara online dan offline (blended learning) untuk memfasilitasi mahasiswa dalam memahami kurikulum dan implementasinya di bidang biologi. Melalui mata kuliah ini, mahasiswa S-2 Pendidikan Biologi difasilitasi untuk memahami prinsip dasar kurikulum, komponen kurikulum, prosedur penyusunan, dan pengembangannya hingga implementasi dan evaluasi. Secara khusus, mahasiswa juga difasilitasi untuk berlatih menganalisis kurikulum baik kurikulum sekolah (SMA) maupun Program Studi Pendidikan Biologi (PSP Biologi), dan mengembangkannya menjadi suatu sistem pembelajaran.

Mata kuliah ini membahas analisis konsep dasar bahan ajar dan media pembelajaran biologi, jenis-jenis bahan ajar dan jenis-jenis media pembelajaran biologi, hubungan tujuan - strategi - bahan ajar dan media pembelajaran biologi, prinsip-prinsip pengembangan bahan ajar dan media pembelajaran biologi, pemetaan isi bahan ajar dan media pembelajaran; serta analisis praktik penerapan prosedur pengembangan bahan ajar dan media pembelajaran biologi yang kontekstual dan berbasis TIK untuk PSP biologi.

Mata kuliah ini membahas analisis hubungan antara kurikulum, pembelajaran, pengukuran, asesmen, dan evaluasi di bidang pendidikan biologi; analisis tujuan pengukuran, tujuan asesmen dan tujuan evaluasi di bidang pendidikan biologi; analisis fungsi asesmen dan evaluasi di bidang pendidikan biologi; analisis objek asesmen dan objek evaluasi di bidang pendidikan biologi beserta prosedur pengukurannya, termasuk pengembangan alat ukur (baik tes maupun non tes beserta pemenuhan validitas dan reliabilitasnya); analisis pengadministrasian hasil asesmen dan evaluasi di bidang pendidikan biologi; serta analisis hasil asesmen dan evaluasi di bidang pendidikan biologi sesuai tujuan yang ditargetkan untuk PSP biologi.

Mata kuliah ini membahas penerapan perolehan fakta biologi tumbuhan dan konsep-konsep esensial biologi tumbuhan di tingkat SD, SMP, SMA, dan S1 Pendidikan Biologi yang dieksplorasi melalui kajian teoritis dan empiris (menggunakan siswa dan pendidik sebagai sumber informasi), baik terkait aspek struktur dan fungsi tubuh tumbuhan, aspek keseragaman dan keanekaragaman tumbuhan, aspek evolusi tumbuhan, aspek genetika dan kelangsungan hidup tumbuhan, aspek perilaku tumbuhan, aspek regulasi dalam tubuh tumbuhan, dan aspek interaksi tumbuhan dengan lingkungannya untuk PSP biologi.

Mata kuliah ini membahas penerapan perolehan fakta biologi hewan dan konsep-konsep esensial biologi hewan di tingkat SD, SMP, SMA, dan S1 Pendidikan Biologi yang dieksplorasi melalui kajian teoritis dan empiris (menggunakan siswa dan pendidik sebagai sumber informasi), baik terkait aspek struktur dan fungsi tubuh hewan, aspek keseragaman dan keanekaragaman hewan, aspek evolusi hewan, aspek genetika dan kelangsungan hidup hewan, aspek perilaku hewan, aspek regulasi dalam tubuh hewan, dan aspek interaksi hewan dengan lingkungannya untuk PSP biologi.

Mata kuliah ini membahas penerapan perolehan fakta mikrobiologi dan mikologi serta konsep-konsep esensial mikrobiologi dan mikologi di tingkat SD, SMP, SMA, dan S1 Pendidikan Biologi yang dieksplorasi melalui kajian teoritis dan empiris (menggunakan siswa dan pendidik sebagai sumber informasi), baik terkait aspek struktur dan fungsi tubuh mikrobiologi dan mikologi, aspek keseragaman dan keanekaragaman mikrobiologi dan mikologi, aspek evolusi mikrobiologi dan mikologi, aspek genetika dan kelangsungan hidup mikrobiologi dan mikologi, aspek perilaku mikrobiologi dan mikologi, aspek regulasi dalam tubuh mikrobiologi dan mikologi, dan aspek interaksi mikrobiologi dan mikologi dengan lingkungannya untuk PSP biologi.

Mata kuliah ini membahas penerapan perolehan fakta bioteknologi modern dan konsep-konsep esensial bioteknologi modern di tingkat SMA dan S1 Pendidikan Biologi yang dieksplorasi melalui kajian teoritis dan empiris (menggunakan siswa dan pendidik sebagai sumber informasi), baik terkait bioteknologi tumbuhan, bioteknologi hewan, antibodi monoklonal prinsip dasar dan aplikasinya, bioteknologi lingkungan, bioteknologi bahan bakar hayati, DNA fingerprinting dan analisis forensik, regulasi dan aplikasi bioteknologi, kode moral dan etika bioteknologi untuk PSP Biologi.

Mata kuliah ini membahas keberadaan kearifan lokal dan potensi daerah yang dapat dijadikan sebagai sumber belajar, bahan ajar, materi pembelajaran, media pembelajaran, dan sarana pembelajaran biologi di PSP Biologi. Potensi lokal ini meliputi berbagai objek makhluk hidup, lingkungan, dan interaksinya, yang berada di sekitar kampus atau di luar kampus yang layak untuk dimanfaatkan sebagai sumber belajar, bahan ajar, materi pembelajaran, media pembelajaran, dan sarana pembelajaran biologi di PSP Biologi. Penerapan kearifan lokal dan potensi daerah dilakukan secara langsung melalui observasi dan/atau investigasi yang dilakukan oleh mahasiswa sendiri, atau dengan memanfaatkan hasil penelitian orang lain yang terkait dengan sumber belajar, bahan ajar, materi pembelajaran, media pembelajaran, dan sarana pembelajaran biologi di PSP Biologi.

Mata kuliah Isu dan Tren dalam Pendidikan Biologi ini dimaksudkan untuk memberikan kesadaran utuh bahwa pendidikan biologi adalah disiplin yang tumbuh dan berkembang, mengikuti pemikiran dan hasil penelitian para ahli pendidikan biologi. Isi dan tren pendidikan biologi terus bermunculan di berbagai daerah setiap saat. Melalui mata kuliah ini, mahasiswa difasilitasi untuk mempelajari buku-buku, dokumen kebijakan, dan jurnal penelitian pendidikan biologi terkait isu-isu penelitian tentang karakteristik siswa dan pembelajarannya, kompetensi pendidik, media pembelajaran, bahan/materi ajar, kurikulum, dan teknologi pembelajaran untuk mengidentifikasi isu dan tren terkini dalam pendidikan biologi, kemudian mengomunikasikan hasil kajian dalam kegiatan presentasi diskusi.

Mata kuliah aplikasi STEM (Science, Technology, Engineering, and Mathematics) dalam Pendidikan Biologi bertujuan memberikan pemahaman kepada mahasiswa pascasarjana Program Studi Magister Pendidikan Biologi tentang salah satu tren dalam pendidikan biologi, melalui integrasi ilmu biologi dengan matematika, keteknikan, dan rekayasa, yang efektif untuk tujuan tertentu, khususnya untuk mengembangkan kemampuan pemecahan masalah siswa, kemampuan berpikir kritis, kemampuan berpikir kreatif. Selain difasilitasi untuk mempelajari aplikasi STEM yang sudah ada, melalui mata kuliah ini, mahasiswa juga difasilitasi untuk berlatih merancang, menyusun, menerapkan, dan mengevaluasi pelaksanaan pembelajaran dengan STEM dalam Pendidikan Biologi di sekolah atau PSP biologi.

Mata kuliah pengembangan e-learning untuk pembelajaran biologi di PSP Biologi bertujuan mendukung mahasiswa dalam menganalisis program e-learning yang sudah ada, dan memfasilitasi mahasiswa untuk merancang, menyusun, menerapkan, dan mengevaluasi e-learning dalam pembelajaran biologi, baik di sekolah maupun di PSP Biologi melalui beberapa bentuk e-learning, misalnya flipped learning dan hybrid learning.

Mata kuliah ini membahas penerapan perolehan fakta biologi sel dan molekuler serta konsep-konsep esensial biologi sel dan molekuler di tingkat SMA dan S1 Pendidikan Biologi yang dieksplorasi melalui kajian teoritis dan empiris (menggunakan siswa dan pendidik sebagai sumber informasi), terkait struktur dan fungsi sel dan molekul (makromolekul), sistem komunikasi dan hingga interaksi dalam sel.

Mata kuliah ini membahas penerapan perolehan fakta genetika modern dan konsep-konsep esensial genetika modern di tingkat SMA dan S1 Pendidikan Biologi yang dieksplorasi melalui kajian teoritis dan empiris (menggunakan siswa dan pendidik sebagai sumber informasi), baik terkait reproduksi materi genetik materi genetik, maupun pemanfaatan teknologi dan TIK untuk membantu meningkatkan kualitas proses dan hasil pewarisan makhluk hidup.

Mata kuliah ini membahas penerapan perolehan fakta pengelolaan lingkungan dan konservasi serta konsep-konsep esensial pengelolaan lingkungan dan konservasi di tingkat SMA dan S1 Pendidikan Biologi yang dieksplorasi melalui kajian teoritis dan empiris (menggunakan siswa dan pendidik sebagai sumber informasi), terkait permasalahan lingkungan dan sumber daya alam, pengelolaan dan konservasinya.

Mata kuliah Manajemen Laboratorium Biologi bertujuan memberikan pemahaman kepada mahasiswa pascasarjana Program Studi Magister Pendidikan Biologi (S2) untuk mengelola laboratorium biologi yang meliputi hakikat manajemen laboratorium biologi, persiapan kerja di laboratorium biologi, desain dan tata letak laboratorium biologi, bahan dan peralatan laboratorium biologi, keselamatan kerja di laboratorium biologi, dan peran laboratorium dalam pembelajaran biologi.

Mahasiswa memahami dan mengetahui: prinsip dan prosedur pengembangan instrumen pengukuran, asesmen, dan evaluasi. Mahasiswa mampu mengembangkan instrumen pengukuran dan asesmen baik tes tertulis, tes unjuk kerja, maupun non tes. Mahasiswa mampu memvalidasi dan menguji instrumen pengukuran, asesmen, dan evaluasi.

Mata kuliah ini membahas peran mahasiswa sebagai calon akademisi di bidang Pendidikan Biologi dalam membantu dunia pembelajaran di sekolah dan PSP Biologi melalui inovasi pembelajaran. Melalui mata kuliah ini, mahasiswa difasilitasi untuk melakukan inovasi pembelajaran melalui R&D atau bentuk kegiatan lainnya, dari mengkaji profil pembelajaran yang berlangsung, tren pembelajaran terkini, mengeksplorasi ide/gagasan, merancang inovasi, dan hingga menguji inovasi dalam skala terbatas maupun luas.

Mata kuliah Proposal Tesis merupakan gabungan dari mata kuliah penyusunan proposal tesis dan seminar proposal tesis, dalam kurikulum sebelumnya. Mata kuliah ini memfasilitasi mahasiswa untuk menulis dan mempresentasikan rumusan masalah, hasil kajian literatur, dan metode yang akan digunakan dalam penelitian. Mata kuliah ini juga memfasilitasi mahasiswa untuk mengomunikasikan desain penelitian untuk mendapatkan masukan dari dosen pengampu mata kuliah, pembimbing, dan rekan sejawat. Selain menghasilkan proposal tesis yang berkualitas dan layak, mata kuliah ini juga dapat digunakan untuk menumbuhkan sikap saling menghargai, keterbukaan, berpikir kritis dalam forum komunikasi yang terpandu.

Mata kuliah tesis ini mengarahkan mahasiswa untuk mampu melakukan penelitian atau mengumpulkan data dan/atau bahan untuk kemudian ditulis sebagai tesis sesuai dengan Pedoman atau panduan Penulisan Tesis yang berlaku. Melalui bimbingan dan pemantauan dosen pembimbing, mahasiswa mengumpulkan data/bahan tesis, menganalisis, menginterpretasi, menyimpulkan, dan menulis menjadi tesis sesuai panduan. Mata kuliah ini juga mengarahkan mahasiswa untuk mempertanggungjawabkan dan mempertahankan tesisnya di hadapan penguji dan melakukan revisi sesuai masukan penguji, sehingga dihasilkan tesis yang layak dibaca dan/atau dijadikan rujukan oleh pihak terkait dan mahasiswa lainnya.