Program Studi Magister Pendidikan Biologi FMIPA UNY didirikan pada tahun 2004 sebagai penyelenggara Prodi Pendidikan Sains dengan Surat ijin Nomor:2951/D/T/2003, tertanggal 10 Oktober 2003. Izin operasional diperoleh pada 2 Oktober tahun 2014 melalui SK Dirjendikti Nomor 434/E/0/2014. Sejak Maret 2024, Prodi S2 Pendidikan Biologi  telah menyandang akreditasi UNGGUL berdasarkan SK dari LAMDIK NOMOR: 271/SK/LAMDIK/Ak/M/III/2024.