Fasilitas di Prodi S2 Pendidikan Biologi meliputi:

1. Ruang kuliah
2. Laboratorium
3. Ekologi lingkungan
4. Pendidikan Biologi
5. Zoology
6. Botani
7. Ilmu Dasar Pendukung Biologi
8. Mikrobiologi-Bioteknologi
9. Computer-ICT
10. Riset
11. Green House dan Kolam Percobaan
12. Animal House
13. Unit Pengolahan Limbah Organik
14. Perpustakaan
15. Kebun Biologi
16. Kantin
17. Mushola